Bones được thành lập bởi các nhân viên của Sunrise Masahiko Minami, Hiroshi Ōsaka và Toshihiro Kawamoto trong tháng 10 năm 1998. Một trong những dự án đầu tiên của họ được cộng tác với Sunrise là Cowboy Bebop: Knockin' on Heaven's Door, một bộ phim được dựa trên serie anime Cowboy Bebop.

Năm 2007, hãng phim phải chịu đựng sự mất mát của đồng sáng lập Hiroshi Ōsaka, nổi tiếng với công việc thiết kế nhân vật trong các serie như Mobile Suit Victory Gundam, Mobile Fighter G Gundam và The Mars Daybreak. Ōsaka đã chiến đấu với căn bệnh ung thư, và đã qua đời vì căn bệnh này vào ngày 24 tháng 9 năm 2007. Ông hưởng thọ 44 tuổi.[2]

Kể từ cái chết của Hiroshi Ōsaka, đã có thêm hai người được thay thế đảm nhiệm vai trò, đó là Makoto Watanabe và Takahiro Komori. Takahiro Komori được biết đến như là người thiết kế nhân vật và là một animator, người đã làm việc với các phòng thu kể từ thành lập. Công việc trước đó của anh là thiết kế trong các series Angelic Layer, Scrapped Princess, và Darker than Black.[3]